1988年5月，联想第一次公开招聘员工。在来自全国的500个应聘者中，杨元庆和神州数码（行情,资讯,评论）老总郭为都是这次被录用的58名员工之一，不过，郭为一进公司就被任命为公关部经理，而杨元庆进公司前三年一直默默无闻。杨元庆入联想后的第一份工作让他尝到了失败的滋味。他为公司起草的一份代理IBMPC的投标书报价比别人的高了一倍，生意自然泡汤。这让他体会到了“价格的力量”。
三年后杨元庆有了机会。1992年4月20日，柳传志宣布任命杨元庆成为公司CAD部（计算机辅助设备部）总经理。“代理”让他一鸣惊人，联想CAD部代理销售的是惠普公司的绘图仪。这时惠普第一个在计算机领域把“分销”的概念带给了中国的商家。杨元庆第一次接触到这一概念并迅速被迷住了。当时，杨元庆带领着一小队人马来到中关村十字路口，朝着东南西北四个方向，说声“一、二、三”，然后分头奔向各自的目标，看见一家卖电脑的商店，就赶紧递上联想的名片，告诉人家自己手上有多好的东西，解释什么叫“代理”。当年，联想CAD部门销售业绩增加了一倍。两年后，杨元庆离开CAD部时，它的销售额从3000万元增加到了3亿元。1994年，杨元庆出任联想电脑公司总经理。在其带领下，当年联想自有品牌电脑销售出4.2万台，跻身于中国市场三甲之列。杨元庆也因此被中国各界誉为“销售奇才”、“科技之星”。时年杨元庆29岁。1995年，杨元庆任联想集团高级副总裁，联想集团执委会副主席，成为联想集团决策层核心成员，是年联想电脑以超出130%的速度增长，以年销售10.5万台稳居国内市场前三名，成为国内电脑市场销售前5名厂家中唯一国产品牌电脑产品。1996年，杨元庆领导的联想电脑公司取得中国PC机销量第一名，同时拓展了自有品牌产品线，向服务器产品方向、向笔记本电脑产品方向投入了研发、制造、销售资源。1997年，联想电脑继续位居中国市场PC销量第一，并代表中国品牌首次进入亚太六强。1998年，联想电脑跃居亚太市场第五（不含日本），这是亚太前十位厂商中唯一一家持续5个季度市场份额和排名都攀升的电脑厂商。1998年联想制造的第一百万台电脑下线。
2000年，杨元庆任联想电脑公司总裁，联想电脑销量达到262万台，再次夺得亚洲（不含日本）销量第一，笔记本销量11万台，连续5个季度蝉联中国市场第一。产品线进一步丰富，自有品牌产品已经发展为包括计算机板卡、电脑整机、服务器产品、笔记本电脑产品、信息家电产品、数字助理设备、消费电子产品、数字输出产品、信息增值服务在内的几乎所有的信息前端设备及部件。1999年到2001年间，杨元庆先后就因特网对以电脑为代表的信息产品的影响，对伴随着因特网而来的电子商务对传统制造业各个环节的冲击进行了深入的、有指导意义的分析研究工作，这一段时期的思想与实践成果主要体现在杨元庆的《信息产业的第三次变革》，《联想、与中国电子（行情,资讯,评论）商务一起成长》等重要讲话中。杨元庆认为，互联网时代给了中国企业（无论是传统企业还是IT企业）一个跟上世界步伐的绝好机会。基于这思想，在2001年4月20日的联想誓师大会上，杨元庆郑重宣布了联想未来几年发展的战略，即联想未来的定位：高科技的联想、服务的联想、国际化的联想。
在联想2000财年誓师大会上，柳传志将深蓝色的联想旗帜正式授给了杨元庆，伴随着这位缔造联想传奇的第一代导演正式谢幕的是：年轻的杨元庆开始登上联想的历史舞台。此次的重心转移，被香港《信报》当时视为“以杨元庆为首的管理层已获市场接受，联想开始真正地进入‘后柳传志’时代”。杨元庆将面对的是一个从来不曾遇到的局，对这个局的正解不仅仅来自对手，更来自公司上下无时无刻传递出的压力。对于杨元庆来说，这一次是他事业中一次重大变化，而对于联想而言，这一次变化是决定联想命运的第三次战略选择中一个必然结果：联想按自有品牌和分销代理两大核心业务分拆为新的联想集团和神州数码集团。在“柳传志时代”由于开拓PC业务，力挽狂澜救联想于危难的杨元庆从幕后走到了台前，有机会最大限度地在联想释放自己的能量。
1995年中国PC产业到达第一个鼎盛时期时，联想集团在中国500家最大工业企业中排名第56位，负责个人电脑业务的杨元庆成为联想的关键力量。习惯了在联想做业务一直高歌猛进的杨元庆，一如既往地为自己定了很高的标准，2000年，杨元庆提出了联想的第一个“3年规划”，将业务划分为消费IT、手持设备、信息服务、企业IT、IT服务和部件/合同制造6大业务群组。对所有这些业务杨元庆定下的目标是：在2001财年将实现260亿的营业额，在三年规划内，联想的年增长率将达到50%，利润的年增长率将达到40%，到2003/4财年终止，整个联想集团的营业额将达到600亿。实现这样一个目标无疑会将联想演变成中国IT产业中顶级的巨无霸企业，通过这个目标人们还是可以看到年轻的杨元庆在执掌联想后表现出的勇气，尽管这几乎是一个不可能完成的任务，根据联想2003年5月在香港公布的2002/3年的财务数字，联想在2003年的营业总额是202.3亿港元（折合人民币约214亿元），不言而喻杨元庆并没有实现自己的三年战略计划。但是这三年中，已经背负新一代企业领袖的杨元庆频频为联想的大事记上添载历史，人们还是能够看出由执行者到战略家之间的距离在逐步缩短。