组织结构的合理设计是决定企业战略目标成功的一个重要因素，是为实现目标对资源的一种系统性安排。只有调整好企业的组织结构，才能为下一步的流程设计、绩效考核激励体系打下基础。在快速发展期，民营企业的组织架构问题主要表现为以下三点。
一、高层管理责权利不清晰。民营企业创始时期，经营管理往往具有粗放化的特征。高层管理人员只有寥寥数人，却在业务和管理中逐渐形成自然分工，个个身兼数职，都可能担当跨部门的职能。随着企业发展、壮大，职能分工越来越细化，专业部门越来越多。但许多民企仍旧过多依赖于经验和历史所形成的管理体系。由于高级管理层的职能职责并未经过梳理，存在许多职能重叠、缺失的现象。缺乏清晰定义的责、权、利会直接造成管理效率低下，跨部门沟通、合作困难，个人、部门和企业发展的目标往往不能形成一致性，最终可能造成企业、部门目标难以实现，众多骨干成员流失。
因此，尽管对于中大规模民企来说，提出高管职能定义缺失的问题看似天方夜谭，但是事实如此，许多民企集团必须在企业发展的同时梳理、定义关键部门和高层的主要职能职责，避免出现重叠和缺失的现象。清晰定义的责权利可以使企业高管深明职责所在，目标明确，将有限的资源聚焦，在评估具体业务和管理表现时有据可依，也不会使绩效考核本身成为一句空话。
二、总部和分部、子公司之间的管控关系如何恰当定义?民营企业随着商业模式在客户、地域、产品、服务等维度上的不断拓展，业务高速推进，许多企业完成了从单一产品线、局部地区经营向多元产品线、跨地区甚至全国经营模式的过渡，企业的层级也从简单、扁平化，向多层级、集团和事业部、子公司架构演变。因此，合理定义集团与事业部、子公司之间的管控关系变得十分必要。在现实商业世界里，许多民企领袖事必躬亲，深度介入企业运营。然而当领袖的管理宽度和企业规模不能够适当匹配时，管理效率低下的问题就会出现。
集团总部是企业的核心，其肩负对企业的战略领导、资本管理、能力建设、企业形象和监控等关键使命。无论事业部、子公司如何设置，集团总部的角色必须明确，根据集团总部对事业部运营管理参与程度的不同，其定位可分为四种不同管理模式类型。当然，要确定企业的管控关系，必须结合企业的战略、能力，并且设计相匹配的汇报关系和关键管理流程。事实上，由于各事业部、子公司可能处于不同的发展时期，具备不同的能力，因此，许多企业通常采用混合的管控模式。
三、组织结构怎样与时俱进?民营企业的组织结构要与企业的发展战略结合起来。很多企业都知道可以按照地区、产品等设置矩阵式的事业部组织结构，并且有意识地培养高级管理人员，以解决企业快速发展中的高级人才短缺问题。在企业由“产品为中心”向“客户为中心”过渡时，也要根据企业战略来对组织架构进行调整，以支持现行的战略。